Posso batizar meu filho não sendo casado na Igreja Católica?

O Código de Direito Canônico em seu cânon 868, apresenta os requisitos que devem ser cumpridos para que o batismo de uma criança seja considerado lícito e válido:

1º - os pais, ou ao menos um deles ou quem legitimamente faz as suas vezes, consintam;
2º - haja fundada esperança de que será educada na religião católica; se essa esperança faltar de todo, o batismo seja adiado segundo as prescrições do direito particular, avisando-se aos pais sobre o motivo.

Percebe-se, assim, que é possível batizar uma criança sem que os pais sejam legitimamente casados. Basta que haja alguém - geralmente a avó - que tenha a reta intenção de educar a criança na fé católica e que um dos pais consinta, mesmo que o outro se oponha.
É indispensável, porém, que seja feita uma boa escolha dos padrinhos, pois, o encargo destes é garantir o acesso à Igreja, tornando-se responsáveis pela educação religiosa da criança. O mesmo CDC define os critérios para a boa escolha e, por eles, é possível perceber claramente o quanto esse encargo é importante.
A pergunta do aluno enseja ainda uma outra questão que merece ser explorada: a do casamento entre duas pessoas de diferentes religiões. Neste caso, o esposo é católico e a esposa é evangélica, tendo sido formalizada a união apenas no civil. O que se pode fazer nesse caso?
O casamento civil, por si só, já é um consentimento manifestado por ambas as partes de que desejam estar casados. Para estes casos, a Igreja Católica apresenta como solução a chamada sanação radical (sanatio in radice), normatizada pelo CDC no cânon 1161 e seguintes:

Cân. 1161 § 1. A sanação radical (sanatio in radice) de um matrimônio nulo é a sua convalidação, sem renovação de consentimento, concedida pela autoridade competente, trazendo consigo a dispensa do impedimento, se o houver, e também da forma canônica, se não tiver sido observada, como ainda a retroação dos efeitos canônicos ao passado.
§ 2. A convalidação tem lugar desde o momento em que se concede a graça; mas a retroação se entende feita até o momento da celebração do matrimônio, a não ser que expressamente se determine outra coisa.
§ 3. Não se conceda a sanatio in radice, se não for provável que as partes queiram perseverar na vida conjugal.
Cân. 1163 § 1. Pode ser sanado, o matrimônio nulo por impedimento ou por falta de forma legítima, contanto que persevere o consentimento de ambas as partes.

Ora, como já existe a vontade de se casar, pois já o fizeram no civil, é possível, então, procurar o Bispo diocesano, o qual está apto a oferecer esse remédio canônico para que o cônjuge católico possa voltar à comunhão da Igreja e receber os sacramentos.
Portanto, a Igreja fornece os meios necessários para que um filho não seja penalizado pelo pecado dos pais, no caso do batismo, e oferece aos pais, que estão em estado de pecado ou em situação irregular que a regularizem. Basta querer.

Fonte : http://padrepauloricardo.org/episodios/posso-batizar-meu-filho-nao-sendo-casado-na-igreja-catolica